Trung tâm Giáo dục Thiên nhiên (ENV) được thành lập trên cơ sở những thành công và kinh nghiệm của Chương trình nâng cao nhận thức bảo tồn tại Vườn quốc gia Cúc Phương (CAP). CAP được triển khai từ năm 1996 và là một hợp phần của dự án bảo tồn do Tổ chức Bảo tồn Động - Thực vật Quốc tế (FFI) thực hiện tại Cúc Phương. CAP do một đội ngũ nhân viên giàu kinh nghiệm thực hiện tại hơn 30 trường tiểu học và trung học cơ sở xung quanh Vườn quốc gia Cúc Phương. Nhân viên CAP cũng thường xuyên tổ chức các hoạt động nâng cao nhận thức cho người dân của 15 xã vùng đệm Cúc Phương. Sau 2 năm thực hiện, CAP đã chứng tỏ sự thành công và hiệu quả khi nhận được sự ủng hộ nhiệt tình của các trường tham gia chương trình và ghi nhận nhiều vi phạm liên quan đến săn bắt động vật hoang dã và chặt phá rừng được người dân thỗng báo cho nhân viên CAP.

Từ năm 1999, những thành công của CAP được chia sẻ rộng rãi với các vườn quốc gia và khu bảo tồn khác ở Việt Nam thông qua các chương trình tập huấn về kỹ năng xây dựng và phát triển thành công chương trình nâng cao nhận thức cộng đồng về bảo tồn.

Ý tưởng thành lập ENV được nhen nhóm sau thành công của chương trình tập huấn đầu tiên về giáo dục môi trường (cho các bộ Vườn quốc gia Pù Mát) vào năm 2000. Tuy nhiên, vì ENV là một trong những tổ chức xã hội dân sự đầu tiên được thành lập tại Việt Nam nên phải 2 năm sau ENV mới chính thức nhận được quyết định thành lập tổ chức.

Những năm đầu thành lập, ENV chỉ tập trung nâng cao nhận thức cho người dân về bảo tồn thiên nhiên. Từ đó, chiến lược hoạt động của ENV ngày được củng cố và phát triển. Đến nay, mục tiêu chính của ENV là nhằm ngăn chặn sự tuyệt chủng bằng các nỗ lực chấm dứt tình trạng săn bắt và buôn bán động vật hoang dã trái phép.